Francoise (Kuan-Hua) A.

Compétences Techniques

• Plateforme de santé pilotée par l’IA / Architecture Système
• Analyse NGS (Séquençage de Nouvelle Génération)
• Bases de données : PostgreSQL, MySQL, MongoDB, Neo4j
• Développement Front-End (React, Angular, TypeScript)
• Développement Back-End (Java Spring Boot / Spring AI, Flask / FastAPI / Django)
• Visualisation de Données (matplotlib, Dash, R Shiny)
• Analyse de Données et Apprentissage Automatique (Machine Learning)
• Intelligence Artificielle / Modèles de Langage (RAG / GraphRAG, ingénierie de prompts, évaluation des modèles)
• Graphes de Connaissances et Interopérabilité des Données (RDF / SPARQL, GraphQL, FHIR)
• DevOps et CI/CD (Docker, GitLab CI, surveillance automatisée)
• Gestion des Identités et des Accès (Keycloak SSO : OIDC / SAML, RBAC)

Langues

• Francais Très courant
• Anglais Courant
• Mandarin Mother tongue
• Japonais Reactivé

Expériences Professionnelles

• 2023/11 − Présent

  Responsable IT & Bioinformatique | Product Owner (PO) / Architecte Système & Concepteur de Projets

  MedcomAsia Bio-Technology Company, Taiwan

  Technologies : Java (Spring Boot / Spring AI), Python (Flask / FastAPI / Django), React, Angular, TypeScript, Docker, GitLab CI/CD, PostgreSQL, MySQL, MongoDB, Neo4j, GraphQL, Keycloak, RDF / SPARQL, FHIR

  • Product Owner : définition de la vision et de la feuille de route ; gestion du Backlog / des User Stories / des Sprints selon les pratiques Agile.
  • Conception de l’architecture WGSpark : pipeline, API et modules de reporting ; standardisation des workflows d’analyse WGS / WES / Panel.
  • Planification de la plateforme SciTarget : référentiel d’indicateurs JCR et moteur de recommandation de stratégies de soumission.
  • Pilotage de l’ETL basé sur FHIR et Designer le system du modélisation des ressources.
  • Mise en place du support décisionnel IA : intégration des données génomiques et cliniques ; application de LLM + RAG / GraphRAG / workflows OpenAI pour la prédiction et le raisonnement, avec amélioration de l’exactitude et de l’interprétabilité clinique.
  • Intégration génomique–clinique : fusion des données NGS / épigénétiques / cliniques pour construire des systèmes prédictifs et d’aide à la décision.
  • Coordination interdisciplinaire : alignement IT, Bioinformatique et Clinique ; définition du flux de données, de la standardisation FHIR et du cycle de développement des modèles.
  • Graphes de connaissances : RDF / SPARQL / Neo4j / GraphQL avec cartographie des terminologies SNOMED CT / LOINC / ICD.
  • Intégration de Keycloak (SSO / OIDC / SAML / RBAC) ; définition des processus CI/CD, DevOps, gouvernance de sécurité et déploiement des modèles.
  • Bio-DevOps : Snakemake / Nextflow + GitLab CI + Docker pour la reproductibilité et la traçabilité (provenance).
  • Modèle économique Hybrid SaaS : serveur MCA on-premise pour LLM + RAG / GraphRAG et mises à jour des modèles ; Edge Nodes (hôpital) pour la collecte et le prétraitement ; licence + abonnement de service géré.
  

  Actuel
• 02/2023 - 07/2023

  Stage

  France, LBBE (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive)

  Technologies : HTML, CSS, JS, jQuery, Python Flask, Docker, Singularity, Unix, Snakemake

  Refonte du pipeline DGINN avec Snakemake ; création d’une API pour rendre le pipeline accessible aux biologistes.
  • Reconstruction du pipeline DGINN avec Snakemake
  • API avec Python Flask (serveur) et HTML / CSS / JS / jQuery (frontend) ; conteneurisation Docker
  • Édition d’un manuscrit scientifique en français

  6 mois
• 2022/09 - 2022/12

  Analyse des données Spotify par apprentissage automatique et fouille de motifs (Projet)

  Technologie : Python

  Projet de cours en apprentissage automatique (pair programming).
  

• 2020/09 - 2022/07

  Plateforme de données bioinformatiques de bout en bout (Full-Stack)

  GAD (Génétique des Anomalies du Développement) – CHU de Dijon, France

  Technologies : Python, Flask, JavaScript, HTML, CSS, jQuery, MongoDB, Unix, Apache (environnement interne preprod / serveur), Java, qsub (ordonnancement HPC)

  • Conception et développement d’une plateforme web de bioinformatique pour les besoins cliniques et de recherche, supportant l’analyse et la visualisation de données WGS / WES à grande échelle.
  • Mise en place d’un pipeline de données de bout en bout avec Python et MongoDB pour le traitement et la requête des variants patients.
  • Développement d’outils de visualisation interactive et d’interfaces dynamiques en JavaScript / jQuery pour les généticiens et cliniciens.
  • Amélioration d’outils Java pour renforcer le prétraitement ETL et l’homogénéité des données.
  • Déploiement sur les serveurs Unix internes de l’hôpital pour garantir sécurité et performance.
  • Utilisation de qsub pour l’ordonnancement des jobs sur clusters HPC (traitement par lots, allocation optimisée des ressources).
  • Maîtrise de la ligne de commande Unix pour l’automatisation, la supervision et la maintenance.
  • Astreinte sur les workflows de données : maintenance, dépannage et mises à jour d’outils.

  2 ans
• 06/2016 - 06/2019

  Secrétaire Administrative & Assistante de Projet

  Formosa IT Training — Lyon, France

  Technologies : HTML, PHP, CSS, JavaScript, SQL

  Organisme de formation IT ; support à la gestion des cours et des projets, accompagnement des formateurs et opérations administratives.
  • Gestion administrative, RH et planification des cours ; appui aux chefs de projet et aux formateurs pour la planification pédagogique.
  • Coordination des échanges entre clients et équipes techniques pour assurer l’avancement des projets.
  • Approche Agile pour la priorisation et la standardisation documentaire ; suivi des tâches.
  • Base pour mes futures fonctions de Product Owner et la collaboration interdisciplinaire.

  3 ans
• 2012-2013

  Professeure remplaçante d’anglais

  École primaire Cha-Chiao, annexe Jin-Min — Sanxia, Nouveau Taipei, Taïwan (R.O.C.)

  Enseignement de l’anglais du CP au CM2 (7–12 ans) ; appui à la bibliothèque et au catalogage des données.

  6 mois
• 08/2010 - 08/2011

  Ressources Humaines & Administration

  Fondation de l’Église du district de Sanxia — Nouveau Taipei

  Actions de service social, traitement documentaire et des données, mentorat des jeunes et cours d’éducation à la vie à l’école.

  1 an (temps plein)
• 09/2006 - 06/2007

  Assistante d’enseignement — Biostatistiques

  Laboratoire de Santé Publique — China Medical University — Taichung, Taïwan (R.O.C.)

  Support aux activités d’enseignement du Centre de Biostatistiques :
  1. Requêtes et intégration de données
  2. Analyses statistiques et supports pédagogiques SAS
  3. Recherches bibliographiques
  4. Enquêtes hospitalières comme données de recherche

  10 mois (temps partiel)
• 09/2006 - 06/2007

  Recherche clinique — Traitement pratique des données

  Centre de Biostatistiques — China Medical University — Taichung, Taïwan (R.O.C.)

  Traitement et analyses statistiques avec SAS, SPSS et R ; préparation des cours et supports pédagogiques.

  10 mois (temps partiel)
• 2005/09 - 2006/06

  Assistante de professeur — Sciences de l’environnement

  Laboratoire de Santé Publique — China Medical University (Taichung, Taïwan)

  Support aux recherches en microbiologie ; contribution à des analyses SIG pour des applications environnementales.

  10 mois (temps partiel)

Formations

• 2020 - 2023

  Master « Bio-informatique » à l'Université Lyon 1 – Claude Bernard

• 2019 - 2020

  Licence3 BISM University of Claude Bernard Lyon 1

  Obtention du diplôme de L3 « Bio-informatique, Bio-statistique, modélisation »

• 2018 - 2019

  Formation professionnelle en informatique chez l'entreprise Formosa

  Mise à niveau en Java, SQL – Talend, Javascript, HTML, CSS

• 2011

  Teacher Training Program in Chinese as a Foreign Language

• 2006 - 2007

  Teaching Assistant Service - Practical Data Processing - China Medical University, Taichung, Taiwan (R.O.C)

• 2007

  la Gestion des Risques «Santé » à l'Université de Médecine Chinoise, Taiwan (R.O.C), L’institut de la Santé Publique

• 2002

  High School Degree - Taipei Municipal Ching-Mei Girls' Senior High School, Taiwan (R.O.C)

Conférences & Projets

• septembre – décembre 2022

  Projet de Master – EcoFood API

  Technologies : Python, Flask, Web API, PostgreSQL

  Recherche en santé publique : développement d’une API pour calculer l’empreinte carbone des repas du Crous.

• septembre – novembre 2022

  Visualisation de données à grande échelle

  Technologies : Python, Web API, R Shiny, SQL

  Visualisation interactive des données de pollution de l’air en France

• 1–4 février 2022

  Conférence : Assises Françaises de Génétique et de Génétique Médicale, Rennes

  « Base de données innovante en génétique humaine : SCNVBase pour le stockage des variants génomiques humains » Auteurs : Kuan-Hua Artignan, Yannis Duffourd, et al. (Poster n°28146)

• 2020 – 2022

  Projet SCNVBase

  Technologies : MongoDB, Python Flask, HTML, CSS, JavaScript, jQuery, Apache ; serveur de contrôle qualité

  Développement d’une API Python en architecture trois tiers pour la visualisation des variants génomiques, mise en place de l’authentification JWT et des mécanismes de sécurité, présentation des résultats du projet aux cliniciens et biologistes.

• 2020

  Projet de Bioinformatique (Faculté)

  Technologies : Python, Biopython

  Implémentation des algorithmes Needleman–Wunsch et Smith–Waterman ; réalisation d’annotations et de mappings NGS.

• 2018

  Développement d’interface de site web

  Technologies : HTML, CSS, Bootstrap, JavaScript, MySQL, PHP

  Création de l’interface front-end et du système de gestion de contenu pour une fondation.